口腔科是一个集医疗、教学、科研、预防为一体、全面发展的科室。在三个院区及副中心门诊部共拥有口腔综合治疗台151台、独立口腔颌面外科病房床位15张。全科共有医护人员200多人，其中博士54人，主任医师、副主任医师24人。人员梯队结构合理，技术力量雄厚。科室专业设置完整，门类齐全，开设口腔颌面外科、口腔治疗、口腔修复、口腔正畸、口腔种植、儿童口腔、牙周病、颞下颌关节、口腔急诊、国际医疗和特需医疗等门诊，共涵盖13个口腔诊疗科目。

口腔科是中华口腔医学会理事单位；中华口腔医学会社区口腔医疗分会副主任、正畸专委会和激光专委会常委单位；北京口腔医学会、北京医师学会学会口腔专科医师分会、北京医学会口腔医学分会副会长单位；首都医科大学口腔科学联合教研室主任单位；中华护理学会口腔专科护士培训基地；首都医科大学口腔护理专业临床实习基地；北京市口腔医疗质量控制和改进中心基本技能培训基地；国家食品药品监管总局口腔专业药物临床试验机构；北京市第一批住院医师规范化口腔全科培训基地。口腔科教研室拥有口腔正畸学和口腔颌面外科2个博士点，牙周病学硕士点，承担省部级和局级教学课题近20项。在科技创新方面，科室已经承担国家级项目10项、省部级课题7项、局级等其他科研课题几十项。授权专利26项，成果转化2项。近5年发表专业论文120多篇（SCI收录近60篇）。2024年，科室的中国医院科技量值（STEM）口腔医学排名为第19名。

口腔科曾荣获多项集体荣誉，包括：2021年获得北京市卫健委先进基层党组织；2019年获得北京市医管中心先进基层党组织；2016年获得北京市卫健委“五四红旗团支部”；曾5次荣获北京友谊医院先进集体和4次荣获院级先进党支部称号。