北京市临床研究所于1978年经市科委批准成立。作为北京市综合性临床研究基地，承担着本市乃至全国重大疾病、疑难病、常见病和多发病的基础和临床研究，以探求危害人民健康的重大疾病的发病机制、干预措施，从而提高早期诊断水平，为疾病的防治提供科研支持。

研究所经过三十年的发展，以开展基础医学与临床医学研究为宗旨，实行中西医并重，以常见病、多发病、疑难病研究为方向，以科学的管理制度建立和完善竞争机制和激励机制，形成以科研养科研，以科研促临床，以科研促效益的良性循环运行机制，逐步确立了以消化、感染、肝病、肾移植、中西医结合为科研发展方向，不断增强品牌意识，锐意改革，谋求创新与发展，形成了研究所自身的优势和特色，为临床科研工作和培养医学科技人才提供科技研究平台。

研究所的基本任务是：(1)基础医学研究;(2)临床医学研究;(3)临床科研检测任务;(4)人才培养;(5)新技术及科研成果开发。

业务范围是：分子生物学研究、生化学研究、病理生理学研究、实验病理学研究、基因诊断、病毒学研究、药理学研究、内科学研究、外科学研究、临床药理学研究、中西医结合研究、艺术医学研究。

研究所科技力量雄厚，人才结构合理，仪器设备较全，本着“实现资源共享、空间布局合理、功能设置明确”的原则，全面实行对外开放，承接医疗所需的各项特殊的科研临床检测任务。目前承担着国家863项目、国家自然科学基金、国家中医药管理局项目、北京市科委、市自然基金、市科干局、市卫生局、市中医局、首医大基础临床基金项目等几十项科研课题，曾获得国家和市级局级科技进步奖百余项，多次举办国家级和市级继续教育项目培训班。

北京市临床医学研究所根据临床工作和防病治病的需要，以改革促发展，服务于科研，服务于临床，服务于患者，向着成为国内一流的全国综合性临床医学研究所而努力。