中心共举办85次专业培训，总培训人数近35万人。为国家卫计委首批认可的规范化培训基地：共覆盖17个培训专业，招录住院医师140/年，在培住院医师340余人。采用计算机模拟-模型模拟-动物模拟-临床实践：四级个体化、序贯化、规范化的培训体系。为首批“北京市住院医师规范化培训示范基地”、全国消化病专科医师培训试点基地、全国内镜培训基地与中国WECP技术标准化人才培训基地。